Bolševikkien vallankaappaus lokakuussa 1917 ja sen jälkeen alkanut Venäjän sisällissota aiheuttivat monilla maan raja-alueilla joukkomaastamuuton. Itä-Karjala ei ollut poikkeus.
Vuonna 1919 Aunuksen Karjalasta muutti Suomeen noin 3 000 karjalaista. Alkuvuonna 1922 Itä-Karjalan kansannousun aikana Suomeen pakeni yli 11 200 vienankarjalaista. Karjalaispakolaisten kokonaismäärä oli arviolta 15 000 henkeä eli 11 prosenttia Itä-Karjalan väestöstä.
— Karjalaiset muuttivat Suomeen perheittäin. Vienan Karjala kärsi eniten. Noin kolmas osa sen väestöstä pakeni Suomeen. Muutamat Vienan Karjalan pitäjät autioituivat jopa 80—90 prosenttia, Petroskoin valtionyliopiston historiantutkija Irina Takala toteaa.
Suomen ulkoasiainministeriön poliittisen osaston tilastojen mukaan maahan pakeni yhteensä noin 13 000 itäkarjalaista. Huhtikuussa 1922 karjalaispakolaisia oli 11 239. Heistä 4 884 henkeä muutti Kajaaniin, Kuhmoniemeen ja Suomussalmelle, 3 640 henkeä Ouluun ja Kuusamoon, 2 715 henkeä Joensuuhun ja Nurmekseen.
Karjalaispakolaisten paluumuutto Itä-Karjalaan alkoi jo vuonna 1922, kun Neuvosto-Venäjä ja Suomi olivat solmineet vastaavan sopimuksen. Toukokuuhun 1923 mennessä Itä-Karjalaan palasi 4 299 karjalaista.
Neuvostoliitossa vuonna 1923 säädetty karjalaispakolaisten armahduslaki joudutti itäkarjalaisten paluuta. Vuosina 1923—1925 Itä-Karjalaan palasi 2 786 karjalaista. Naisten ja lasten osuus armahdetuista oli 57 prosenttia.
— Uhtuan kihlakuntaan palasi 61,5 prosenttia karjalaisista paluumuuttajista, Kemin kihlakuntaan 17 prosenttia, Aunuksen, Petroskoin ja Paatenen kihlakuntiin 6—9 prosenttia, Takala kertoo.
Samaan aikaan 282 karjalaista ei saanut Neuvostoliiton viisumia. Heidän joukossaan oli 156 miestä, 60 naista ja 66 lasta.
Karjalaispakolaisten paluumuutto Itä-Karjalaan jatkui vuoteen 1926 saakka. Eri arvioiden mukaan paluumuuttajia oli 6 000—8 000. Noin 5 000 itäkarjalaista jäi Suomeen.
Neuvostovalta oli kiinnostunut karjalaispakolaisten paluusta autioituneille alueille. Pakolaisille tarjottiin hyvät olot paluumuutolle. Heille myönnettiin Neuvostoliiton passi ja viisumi sekä 400 Suomen markkaa matkarahaa. Lisäksi heille annettiin lupa ottaa matkaan kaikki omaisuutensa mukaan lukien karja ja hevoset.
— On tiedossa, että Repolan pitäjään palanneet pakolaiset toivat mukanaan noin 850 lehmää, 150 vasikkaa ja tuhatkunta lammasta, Takala sanoo.
Toisaalta Neuvostoliitossa pelättiin, että Suomen virkavalta voi käyttää maassa pitkään asuneita karjalaispakolaisia Neuvostoliiton vastaisessa agitaatiossa. Tšekistien eli salapoliisin tietojen mukaan muutama sata karjalaispakolaista sai Suomessa sotilaskoulutuksen. Itäkarjalaiset aktivistit tekivät pakolaisten keskuudessa Suomessa bolševikkien vastaista propagandaa.
— Palatessaan Neuvostoliittoon karjalaispakolaiset joutuivat allekirjoittamaan tietyn sitoumuksen. Se sinänsä laillisti karjalaisten vainoja sitoumuksen rikkomisen tapauksessa, Takala kertoo.
Itä-Karjalan kansannousu 1921—1922 pelästytti bolševikit. Siitä alkaen he pitivät rajaseutua uhkana maan turvallisuudelle. Usko ulkomaiseen uhkaan oli pääperuste poliittisten vainojen aloittamiselle ja vahvistamiselle Itä-Karjalassa 1920—1930-luvulla.
Ensimmäiset joukkovainot Itä-Karjalan rajaseudulla alkoivat 1925. Keväällä 1933 tehtiin puhdistuksia Neuvostoliiton läntisillä raja-alueilla, muun muassa Itä-Karjalassa ja Inkerinmaalla. Vankimäärältään Itä-Karjala oli maassa toisella sijalla.
— Itä-Karjalassa ja Inkerinmaalla vangittiin yhteensä 2 982 henkeä. He olivat pääosin itäkarjalaisia ja inkerinsuomalaisia talonpoikia. 1 641 henkeä syytettiin Suomen pääesikunnan ja 427 henkeä Viron pääesikunnan vakoojiksi, Takala kertoo.
Huhtikuussa 1935 puhdistettiin rajavyöhyke Karjalan tasavallassa ja Leningradin alueella. Kesäkuuhun mennessä sieltä karkotettiin 5 059 perhettä.
Vuosina 1937—1938 Neuvostoliitossa oli niin sanottu suuri terrori. Itä-Karjalassa vangittiin Venäjän turvallisuuspalvelun Karjalan tasavallan hallinnon arkistotilastojen mukaan noin 2,5 prosenttia väestöstä.
— Karjalaisvankeja oli 3 059 henkeä eli 26,9 prosenttia kaikista vangeista ja 2,8 prosenttia karjalaisväestöstä. Prääsän, Aunuksen, Repolan ja Petrovskin piireissä karjalaisvankien osuus oli 80—85 prosenttia. Reilut 20 prosenttia vangeista oli 21—30-vuotiaita, Takala kertoo.
Karjalaisvankien teloitukset olivat mittavat. Miehistä teloitettavaksi tuomittiin yli 88 prosenttia ja naisista 66 prosenttia. Teloitettujen ikähaarukka oli 17—80 vuotta.